水污染防治政策的最終目標是維護地表水體健康，即恢復和維持水體的化學、物理和生物方面的完整性和特性，中間目標是入河污染物排放得到控制，直接目標是點源和非點源的排放得到控制。
我國《環(huán)境保護法》和《水污染防治法》均明確了“保護和改善環(huán)境”的原則和目標。但水污染防治政策與管理依然存在諸多問題，主要是有些地方?jīng)]有抓住重點，也不專業(yè)：點源排放控制目標沒有確保所排入水體的水質(zhì)達標;沒有對污水處理廠的來水進行限制，導致其排放無法達標;非點源排放控制沒有實施最佳管理實踐，而是采取關廠、停產(chǎn)、禁止等行政管制措施。
對點源實施排污許可證管理
排污許可證制度是點源排放控制的基礎和核心制度。由于排污許可證的內(nèi)容包含了點源排放控制的所有法規(guī)規(guī)定，因此，政府管理部門可以排污許可證作為執(zhí)法文書，將所有排放要求及標準都明確寫在排污許可證中。點源按照規(guī)模可以分為大點源和小點源，規(guī)模大小的劃分界限不是絕對的，是相對于既定的污染源管理能力而定的。例如，按照污染物的排放量確定大點源，工商業(yè)大點源的排污許可證由省環(huán)保廳直接負責，市環(huán)保局負責小點源的簡易許可證，生態(tài)環(huán)境部保留許可證最終管理權和監(jiān)測核查的權利。一旦出現(xiàn)違證情況，可依法對違證企業(yè)進行處罰，直至制止違法行為。當前，對許可證的頒發(fā)和管理規(guī)定尚不清晰，已頒發(fā)的排污許可證也并未對點源的所有規(guī)定整合在一起，管理文件分散，降低了排污單位系統(tǒng)學習和落實排污許可證要求的效果。
排放限值是排污許可證的核心內(nèi)容，一般區(qū)分為基于技術的排放限值和基于地表水質(zhì)的排放限值，基于技術的排放限值由國家統(tǒng)一制定，是該類別企業(yè)的最低排放要求。但由于基于技術的排放限值沒有考慮具體的水體特征，因此，無法確保點源所排入水體的地表水質(zhì)達標，基于地表水質(zhì)的排放限值就成為解決該問題的有效補充手段。
點源在向天然水體排放污水時會在排口附近形成高濃度污染物區(qū)域，即有限混合區(qū)，為保證地表水質(zhì)達標，可根據(jù)地表水質(zhì)標準和流域水體特征計算水生生物在河流中存活的區(qū)域，并由此計算污染物基于地表水質(zhì)標準的排放限值。當前我國水污染物排放標準僅考慮了經(jīng)濟、技術可行性，僅有污染物排放標準(技術標準)，法律法規(guī)中尚沒有基于地表水質(zhì)排放限值和有限混合區(qū)的相關概念，使得現(xiàn)有的點源排放標準與所排入水體的地表水質(zhì)標準脫鉤，致使某些情況下，即使點源達標排放，也無法保證所排入水體的地表水質(zhì)達標。此外，目前對于水質(zhì)達標控制的管理目標沒有具體到點源減排目標，對點源具體控制措施或減排目標的設定也沒有提出減排要求，難以在點源排污許可證中落實地表水質(zhì)達標的目標。因此，點源排污許可的核心作用沒有得到很好的體現(xiàn)。
因此，我國水污染防治工作應加快實施和完善點源排污許可證，并在地表水質(zhì)達標管理中，以流域為管理單元，科學制定點源排放混合區(qū)劃定原則，按照有限混合區(qū)的理念制定基于地表水質(zhì)的排放限值，明確點源減排目標及污染控制措施，將點源排放控制與地表水質(zhì)改善結合起來，落實到流域3年地表水質(zhì)達標方案中，并通過點源排污許可證予以實施。
對于市政點源，主要是城市生活污水處理廠，除需要執(zhí)行點源排污許可證外，還需要對排入城市污水處理廠的工商業(yè)點源執(zhí)行預處理制度。工商業(yè)廢水中會有各種城市生活污水處理廠不能處理、難以處理或?qū)е率У奈廴疚铮仨毻ㄟ^預處理排放標準對其實施控制，確保城市污水處理廠安全、穩(wěn)定和有效運行。我國至今還沒有一個專門和有效的預處理制度，需盡快實施，且實施也基本不存在技術難度。
對非點源實施排放控制
一般認為，非點源污染具有以下特征：分散于較廣的區(qū)域內(nèi)，排放的污染物最終以分散的方式進入地表水或地下水;污染程度與不可控的氣候變化及地理、地質(zhì)條件有關，并且在不同地點、不同年份有很大的不同;與點源污染相比，進行監(jiān)測的難度往往更大，費用更高;治理的重點在于管理土地和地表徑流，而不是流失物。
目前，我國針對非點源的普遍做法是采取直接關廠、停產(chǎn)、禁止等行政手段，這種辦法不僅低效，且容易對社會經(jīng)濟產(chǎn)生副作用。國內(nèi)對非點源污染控制領域開展的政策研究較少，也沒有切實有效的政策法規(guī)，少數(shù)相關規(guī)定分散在其他法律中，針對性不強，強制性不夠，缺乏完整系統(tǒng)的具體技術和經(jīng)濟措施。
治理非點源污染應主要通過在非點源污染產(chǎn)生的過程中規(guī)范和約束排污者的生產(chǎn)行為。例如對于農(nóng)業(yè)非點源排放管理的思路就是加強源頭和過程控制，減少非點源污染物進入天然水體的量。一方面是對水土流失進行防治，切斷營養(yǎng)物質(zhì)進入水體的通道;另一方面就是從源頭上防止污染的產(chǎn)生，即通過流域中種植業(yè)生產(chǎn)方式的調(diào)整，減少氮肥、磷肥以及農(nóng)藥的施用量，提高作物對氮、磷元素的吸收利用程度等。
這種思路強調(diào)的是管理的行動辦法，而非監(jiān)測等對已排放污染物的要求。我國需盡快編制非點源最佳管理實踐指導手冊，形成最佳管理實踐的非點源控制制度，深化非點源源頭和過程控制理念，制定管理措施，提高非點源管理效果。
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